La Fundación de la Sociedad Española de Anatomía Patológica (en adelante, FSEAP) se creó en  con el objetivo de captar recursos para las actividades de formación continuada, reuniones anuales y Congreso Nacional, el Programa de Garantía de Calidad , premios y ayudas a la investigación, reservándose la SEAP para todos los aspectos directamente relacionados con los asociados y con el contenido de la especialidad.

La FSEAP tiene como máximo órgano director al Patronato de la Fundación, que está compuesto por la Comisión Ejecutiva Permanente (Presidente/a saliente, Presidente/a, Presidente/a entrante, Secretario/a, Tesorero/a) y los dos antiguos Tesoreros/as.  A nivel directivo y tras el Patronato, está la Dirección Ejecutiva de la que depende el personal laboral.