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SECUENCIACIÓN MASIVA EN CÁNCER DE PULMÓN DE CÉLULA NO PEQUEÑA

Autor/es
I Abdulkader-Nallib, R Pérez-Becerra Ferreiro, JM Cameselle-Teijeiro, FJ Caneiro-Gómez, E Couso-Folueiras, YT Rico-Rodríguez, Á Vázquez-Boquete,DR Ínsua-Santamaría, M Piso-Neira, JR Antúnez-López, M Sánchez-Ares
COMPLEXO HOSPITALARIO UNIVERSITARIO DE SANTIAGO DE COMPOSTELA
ihab.abdulkader.nallib@sergas.es
Orden de Presentacion
139
Fecha de Presentacion
Viernes, 16 de febrero. Sesión de tarde
Pantalla
3

Introducción

Además de EGFR, ALK y ROS1, estudios recientes del carcinoma de pulmón de célula no pequeña (CPCNP) han identificado nuevos y potenciales biomarcadores predictivos de respuesta a fármacos, p. ej.: mutaciones en HER2, BRAF, PIK3CA, AKT1, DDR2, fusiones de los genes RET y NTRK1 o la amplificación de MET y FGFR1.Herramientas tradicionales como la secuenciación de Sanger, ensayos basados en PCR o la hibridación in situ de fluorescencia (FISH), han sido ampliamente usadas en la clínica para detectar alteraciones génicas, pero estas técnicas permiten el análisis de un número limitado de genes, por el escaso tamaño de la muestra y el elevado coste de los estudios.El diagnóstico molecular mediante secuenciación masiva de nueva generación (NGS) puede ser una importante herramienta para la identificación simultánea de múltiples alteraciones en un único test, realizado en un tiempo reducido y con un coste relativamente bajo. Se describe nuestra experiencia con NGS en CPCNP en comparación con las técnicas tradicionales.

Materiales y métodos

Se analizaron por NGS un total de 44 muestras de tejido parafinado de 39 pacientes diagnosticados de CPCNP: 26 adenocarcinomas, 8 carcinomas escamosos, 2 carcinomas neuroendocrinos de célula grande (1 paciente analizado en biopsia inicial y tras progresión) y 3 casos de CPCNP no específico (NOS). Previamente habían sido ya estudiadas para los genes EGFR (Cobas 4800, Roche), ALK, ROS1 y RET (Vysis, Abbot Molecular). Como control de mutaciones en los genes KRAS, NRAS y BRAF se incluyeron 3 casos de adenocarcinoma de colon y 1 carcinoma papilar de tiroides. Para el análisis se diseñó un panel personalizado con 34 genes (28 para detección de mutaciones estructurales en: AKT1, ALK, BRAF, CKIT, CTNNB1, DDR2, EGFR, FGFR1, HER2, HRAS, KRAS, LKB1, NTKR1, NTKR2, NTKR3, MAP2K1, MAP2K2, MET, MYC, MTOR, NRAS, PI3KCA, PDGFR, PTEN, ROS1, RET, SOX2, TP53, y 6 para traslocaciones: ALK, NTRK1, NTRK2, NTRK3, RET, ROS1, utilizando la herramienta SureDesign (Agilent Technologies). La preparación de librerías se llevó a cabo con el protocolo SureSelectXT HS Target Enrichment System (Agilent Technologies) y la secuenciación mediante la tecnología de Illumina (MiSeq). Para el análisis de resultados se usaron el software SureCall y Cartagenia (Agilent Technologies).

Resultados

El estudio de NGS confirmó las 6 traslocaciones y 2 mutaciones en EGFR (L858R y T790M) evidenciados con las técnicas tradicionales y adicionalmente ha detectado 18 mutaciones estructurales. En los adenocarcinomas (n=26) se han evidenciado 2 traslocaciones (RET y ALK-EML4 v3) y 14 mutaciones estructurales (3 en EGFR [deleción exón 19, T790M, L858R], 7 en KRAS [2 G12D, 4 G12C, 1 G12V], 2 en LKB1 [D194Y], 1 en BRAF [G464V] y 1 en MET [R988C]). En los carcinomas escamosos (n=8) se ha detectado 1 traslocación en ROS1 (ROS1-EZR) y 3 variantes estructurales (2 en KRAS [G12D, G12A] y 1 en LKB1 [K83*]). En los carcinomas neuroendocrinos (n= 2) se han detectado 2 traslocaciones en ALK (ALK-EML4 v2) y 1 mutación estructural en ALK (F1174C) evidenciada en la muestra de progresión tras tratamiento con Crizotinib. En los 3 casos de CPCNP NOS se encontró 1 traslocación en ROS1 (variante SD2;R34 de ROS1-SDC4) y 2 mutaciones en KRAS (G12D, G12V).

Conclusiones

La NGS se postula como una alternativa factible para el diagnóstico molecular en la práctica clínica por su sensibilidad y especificidad. Además permite conocer con precisión la alteración molecular, sus interacciones y las implicaciones terapéuticas.